1052年，當時的關白藤原賴通將繼承自父親道長的別莊改成佛寺，創建了平等院。
此年時值末法初年，貴族與僧侶篤信末法思想，極樂往生的淨土信仰在社會各階層廣為流行。翌年1053年，阿彌陀堂（鳳凰堂）慶祝落成，堂中安置由平安時代最高佛師定朝製作的阿彌陀如來坐像（高約8尺，2.43m），極其華麗。
約千年前建立的建築與佛像傳承至今，亦登錄為世界遺產。
平安時代
- 1052年（永承7年）
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末法初年，藤原賴通將繼承自父親道長的別莊改成佛寺，創建了平等院。
《藤原賴通像》 江戸時代初期（17世紀左右） 淨土院收藏
- 1053年（天喜元年）
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因末法思想與淨土信仰的流行，建立安置阿彌陀如來坐像的阿彌陀堂（＝鳳凰堂）。
此時期境內建有許多堂塔，現在多已燒失。
《平等院境內古圖》 江戸時代 最勝院收藏
- 1180年（治承4年）
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以仁王下旨征討平家，源賴政舉兵於宇治進行合戦但卻敗北，於平等院自刃身亡。為史上最初切腹的例子，從此切腹成為武家名譽的象徵。
現在自刃的場所稱為「扇之芝」，境內有賴政公之墓。
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中近世（鎌倉時代～江戸時代）
- ～1230年（鎌倉時代前期）
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在創建時的本堂遺跡地上建立觀音堂。
- 1336年（建武3年）
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與足利軍爭戰的楠木正成於平等院周邊放火。
除了一部分之外，多數的伽藍皆燒失。 - 1496年（明應年間）
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為修復平等院開創了淨土院。
- 1640年（寛永17年）
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建立羅漢堂。
- 1654年（承應3年）
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開創最勝院。
- 1670年（寛文10年）
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阿彌陀堂（鳳凰堂）進行大規模修理。替換正面門扉。從這個時期起，阿彌陀堂被稱為鳳凰堂。淨土宗的淨土院、天台宗的最勝院兩宗協力護持平等院。
- 1698年（元禄11年）
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遭逢宇治大火，寺院荒廢，之後鳳凰堂的壁扉畫上留有許多塗鴨。
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近現代（明治～平成）
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寺院不斷荒廢中，保全鳳凰堂的活動頻繁。
- 1902年～1907年
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鳳凰堂經明治時代（1868年～1912年）的修繕。
同時雲中供養菩薩像亦被修復，呈現我們現在看到的姿態。 - 1950年～1957年
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鳳凰堂經昭和時代（1926年～1989年）的大修理。
- 1951年
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鳳凰堂與阿彌陀如來坐像被指定為國寶。
同時，圖案為鳳凰堂的10圓硬幣也開始發行。
之後，梵鐘、雲中供養菩薩像、天蓋、鳳凰堂中堂壁扉畫、
鳳凰等接續被指定為國寶。 - 1967年～1972年
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為保護文化財產，「鳳凰」「梵鐘」「鳳凰堂中堂扉畫」依序進行更換。
- 1990年～2003年
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復元州濱，整備庭園。
- 1994年
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以「古都京都文化財產」登錄成為聯合國教育科學文化組織世界文化遺產。
- 2001年
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博物館鳳翔館 開館。
- 2003年～2007年
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阿彌陀如來坐像、天蓋大修繕。
- 2012年～2014年
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鳳凰堂經平成時代（1989年～）的大修繕。
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